Banken können für die Verwaltung und Bereitstellung eines Depotkontos entsprechende Entgelte vom Kunden verlangen. Die Höhe dieser Entgelte richtet sich in der Regel nach der Summe der Einlagen und der Anzahl von Verkäufen und Käufen der Wertpapiere. Außerdem sind die jeweiligen Gebühren pro Order, die von der Börse erhoben werden, von dessen Standort abhängig. Der Handel über Stuttgart kostet z. B. zusätzlich 2,96 Euro pro Order (Stand: Mai 2011). Die Börse in Frankfurt fordert eine Gebühr in Höhe von 2,94 Euro pro Kauf bzw. Verkauf einer Aktie, eines Zertifikats oder eines Optionsscheins. Der Anleger kann jedoch auch außerbörslich mit Aktien, Zertifikaten und Optionsscheinen handeln. In diesem Fall werden keine Börsengebühren erhoben. Die Banken berücksichtigen dies und bieten spezielle Konten an, die nur für den außerbörslichen Handel mit Wertpapieren bestimmt sind.
Die Stiftung Warentest hat im Mai 2011 Online-Depots verglichen und ein Konto beim Online-Broker flatex gefunden, welches gegen eine Ordergebühr von 5,90 Euro den außerbörslichen Handel ermöglicht. Hier werden keine Depotgebühren erhoben und der Kunde kann eine unbegrenzte Höhe an Einlagen verwalten. Die Gebühren werden nur für die Transaktionen berechnet. Ein anderes Konto des gleichen Brokers ist für den innerdeutschen Handel an der Börse geschaffen worden und ermöglicht dem Kunden eine Transaktion für 5 Euro zuzüglich der Börsengebühr. So kann der Kunde z. B. verbriefte Derivate in Stuttgart oder Frankfurt für insgesamt 5,52 Euro pro Order erwerben.
Die meisten Online-Depots erheben keine reinen Depotgebühren mehr, da die Verwaltung durch das Internet drastisch minimiert wurde. Hier muss der Kunde in der Regel nur für die Transaktionen zahlen, die er im Jahr tätigt. Diese Gebühren werden meistens einmal jährlich vom angegebenen Girokonto abgezogen. Der Nachteil von Online-Depots ist die reduzierte Beratung für den Kunden. Dieser kann zwar in den meisten Fällen telefonisch oder via E-Mail mit einem Fachmann korrespondieren, jedoch ist die Beratung in einer Filialbank umfangreicher. Wer also mit dem Handel von Wertpapieren beginnt, der sollte auf das Depot einer Filialbank zurückgreifen, wenn das nötige Fachwissen nicht vorhanden ist. Diese Depots kosten jedoch in den meisten Fällen zusätzlich zu den Ordergebühren pro Transaktion eine Depotgebühr in Höhe von bis zu 100 Euro im Jahr (Stand: Mai 2011). Bei manchen Konten entfällt diese Gebühr bei einer bestimmten Einlage oder ab einer entsprechenden Stückzahl von Transaktionen. Der Kunde muss aber in der Regel für jede Order die entsprechende Gebühr zahlen, welche durch das Entgelt der Börsen noch einmal erhöht wird. Dafür bekommt der Kunde aber eine umfangreiche Beratung und kann jederzeit auf das Fachwissen der Bank zurückgreifen.